在建立完善的军事教育之后,就是对于现有的武官和朝廷的军事指挥体制予以调整了,之前在朱载坖的主持下,对于大明官军建立了两套指挥体系,第一套是对于镇协官军的水师的,由练兵军务处予以指挥,包括总理水师衙门等,有关于镇协官军的指挥、调度,都是通过练兵军务处来负责实施的。
而第二套指挥体系就是兵部、五军都督府所领导,对于地方各都司卫所的官军进行管理的指挥体系。
朱载坖首先对于镇协官军的指挥、管理体制进行了改革,和张居正之前所担心的一样,朱载坖一样认为现在总兵、提督的权力过重,基本上对于指挥是一言堂,这点显然不是朱载坖所需要的,随着大明官军的火器化程度逐渐提升,对于官军来说,所需要的技术水平也就更高了,尤其是炮兵等兵种,需要军官们有良好的计算能力,而且后勤的重要性也上升了。
还有各军兵种之间的配合,平时对于士卒训练的监察等等,这些事情,总兵、提督等不可能一人就干了,所以相应的专业军官和官军的内设机构也要加以组建。
官军的主要作战单位是镇,镇也是官军遂行攻防的基本单位,所以说朱载坖的改革方向也主要是从镇开始的,在每镇设立三个下属机构,其一,参谋司,其下有军务、作训、机要、通讯、情报、侦察等下设机构,主要负责官军的日常训练、调度、作战计划的制定与执行;其二,后勤司,负责官军的后勤保障,军粮、军饷以及军器、甲胄、装备、弹药的发放、储存、运输和计划;其三,镇抚司,主要负责整肃军纪,训练监察,对于士卒的教育,反间防谍,对于各级军官的监察等。
这些专门机构负责协助总兵、副将、参将等官军高级将领们处理军务和军队日常事务,实现军队的专业化,同时这些机构的主官等由朝廷任命,即便是总兵、提督等大将,也只有建议权,而没有决定权,尤其是镇抚司,负责监视各级将校,整肃军纪,执行军法,直接对皇帝负责,镇抚司的急递直接通过锦衣亲军的呈递给皇帝,加强朝廷对于边镇的控制。
同时也要通过后勤对于边镇大军予以控制,在新的体制之下,后勤司负责官军的后勤事务,每季度向练兵军务处和所在地总督汇报官军的粮秣、弹药、军器等消耗情况,总督等大员也要随时检查官军的战备情况,朝廷也会责成卫尉寺对于官军的粮饷、弹药、军器储备情况予以掌握,尤其是军器和弹药的储备,既要保证官军的日常训练和作战,也要保证不能对朝廷构成威胁,这点是很关键的。
除了对于镇协官军进行改革之外,都司卫所也是朝廷的的重点改革方向,首先就是五军都督府,作为卫所的最高管理机构,分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。本来权力是很大的,但是在土木之变后,兵部逐渐侵夺五军都督府的权力,在朱载坖即位之后,五军都督府的权力得以加强,但是仍旧受到兵部极大的制约。
朱载坖首先要调整的是五军都督的管辖范围,最开始五军都督府分领各都司是不按地域划分的,但是后来发现这样确实是不便,所以不久就调整为以地域为主体的隶属关系。大致是后军都督府———华北各都司、行都司、左军都督府———华东/东北各都司、右军都督府———西部各都司、前军都督府———华南/华中各都司、中军都督府———河南/徐州以南杭州湾以北各都司和留守司,除左军都督府辖区被中军都督府下南京以东各卫所切断外,其它都督府所辖都司的地域性很强。
但是这样的调整朱载坖仍然认为不够完善,首先是各都督府和各都司距离太过于遥远,都督府根本无从掌握各都司、行都司、留守司的实际情况,朝廷将五军都督府全都留在京师,固然是便于朝廷直接掌握军队,但是也是使得各都督府和分领的都司卫所之间极为陌生,根本无从了解实际情况。
所以朱载坖决定,调整五军都督府的建制,要设立行都督府或者都督府分司,派遣到所管理分领的各都司的地面上去,直接管理所辖各都司卫所,朱载坖在和臣子们商量之后,决定设立行五军都督府,各行都督府以右都督为长官,分驻辖区,对各都司实施就地管理,左都督仍旧驻京师。不仅仅要设立行五军都督府,还要以地域为划分,将各都司、行都司、留守司等归都督府管理,加强朝廷对于卫所的管理。
按照地域划分,行中军都督府驻开封,管辖京师不属于亲军诸卫的各卫所,和中都留守司,河南都司、山东都司,再析分原湖广都司为湖南都司和湖北都司,还有兴都留守司。
行前军都督府驻节大宁,管辖辽东都司、吉林都司、大宁都司、山西都司、万全都司、宁夏都司。
行左军都督府驻节西安府,管辖山西都司、甘肃都司、青海各卫所、四川都司、贵州都司。
行右军都督府驻节杭州府,管辖浙江都司、福建都司、福建行都司、南直隶各卫所和南京不属于亲军诸卫的各卫所。
行后军都督府驻节广州府,管辖广东都司、广西都司、云南都司、缅甸都司。
各行都督府主要主要负责对所管辖各都司卫所予以监察,督促他们切实屯垦戍边,同时保障脱产士卒的军事训练,对于他们的军事训练予以考核,对于发现的不称职的卫所军官,行都督府右都督可以直接行文在京师的都督府,予以罢黜或者进行题参。
同时作为动员机构,掌握军余子弟的数量,世袭军官受训考核之后的分配等事务,都要由行都督府负责管理。